1993 m. gruodžio 28 d. J. Morkūnienė apgynė filosofijos daktaro disertaciją „Filosofinės humanizmo teorijos sandara“. Disertacijoje apžvelgiama plati humanizmo problematikos panorama nuo Renesanso iki šių dienų egzistencinės filosofijos ir struktūralizmo, atskleidžiama humanizmo tikslų, metodų ir problematikos priklausomybė nuo laikotarpio pasaulėvaizdžio, nuo žmogaus kultūrinio aktyvumo apskritai tėkmės. Humanizmas pristatomas kaip istorinis reiškinys, kaip žmogaus savikūra, vykstanti didėjant žmogaus kūrybiniam aktyvumui aplinkos ir savo paties atžvilgiu. Taikoma J. Herderio metodologinė nuostata aiškinti žmogų ir jo aplinką kaip vientisą procesą.
