Matematikos ir gamtos fakulteto ištakomis Kaune laikomi 1920-ieji metai, kai buvo įsteigti Lietuvos Aukštieji Kursai, į kurių sudėtį įėjo ir Matematikos-fizikos skyrius. 1922 m. vasario 16~d., įkūrus Lietuvos universitetą Kaune, buvo įsteigtas Matematikos-gamtos fakultetas, kuris vykdė veiklą iki 1940 m. rudens. 1940 m. rugsėjo 1 d. Matematikos-gamtos fakulteto veikla Kaune sustabdyta, jis perkeltas į Vilnių. Visą, nuo Fakulteto įkūrimo iki sustabdymo, veiklos laiką Kaune Fakultetui vadovavo dekanas prof. Zigmas Žemaitis. 1993 m. rugsėjo 1 d. Kauno technologijos universitete Aukštosios matematikos (pakeičiant pavadinimą į Taikomosios matematikos), Bendrosios matematikos ir Fizikos katedrų pagrindu įsteigtas Fundamentaliųjų mokslų fakultetas, 2014 m. sausio 1 d. (at)gavęs istorinį Matematikos ir gamtos mokslų fakulteto pavadinimą ir skaičiuojantis jau 25-uosius savo veiklos metus.