Chirurgijos raida tiek Vilniuje, tiek Lietuvoje susijusi su Vilniaus universiteto Chirurgijos klinika, įkurta 1808–1809 m. m. viduryje, taigi daugiau negu prieš 200 metų. Tai buvo naujas Vilniaus universiteto padalinys, kėlęs tikslą ruošti chirurgus, savo praktikoje besivadovaujančius moksliniais metodais, mokyti juos chirurginių ligų diagnostikos ir operacijų technikos.
Klinika pradėjo veiklą Vilniuje jau veikiant kelioms ligoninėms, kuriose buvo atliekamos chirurginės operacijos. Aukštas klinikos mokslinis ir praktinis lygis sietinas su Vilniaus medicinos draugija, įkurta 1808 m. Užmojis suburti aukščiausio išsilavinimo pedagogus ir praktikus iš visos Europos, inicijuoti mokslo darbus svarbiausiose medicinos srityse padėjo klinikai įsilieti į vakarietišką universitetinę aplinką. Pasiekta labai gerų rezultatų: apgintų disertacijų skaičiumi ir ligų diagnostikos bei chirurginių veiksmų apimtimi klinika neatsiliko nuo kitų Europos universitetų. Mokymo sistema Chirurgijos klinikoje buvo panaši į Terapijos klinikos, kurią trejais metais anksčiau įkūrė Johanas Pėteris Frankas (Johann Peter Frank, 1745–1821) ir Jozefas Frankas (Joseph Frank, 1771–1842). Chirurgijos teorinės paskaitos buvo suderintos su studentų mokymu prie ligonio lovos. Studentai klinikoje budėdavo visą parą, ligonius stebėdavo nuo jų atvykimo į kliniką iki išvykimo arba mirties. Sėkminga Chirurgijos klinikos raida susijusi su šiais jos kūrėjais ir puoselėtojais: Žaku Briote (Jacques Briotet, 1746–1819), Johanu Andriumi Lobenveinu (Johann Andreas Lobenwein, 1758–1820), Janu Frydrichu Niškovskiu (Jan Friedrich Niszkowski, 1774–1816), Jokūbu Šimkevičiumi (Jakób Szymkiewicz, 1775–1818), Konstantinu Porcijanka (Konstanty Porcyanko, 1793–1841).
Universiteto Chirurgijos klinikos, dar vadintos Chirurgijos institutu, įkūrimas reiškė naują pakopą Lietuvos medicinos, ypač chirurgijos, raidoje. Koncepcija priartėta prie Vakarų XIX a. pradžios mokslo tiriamosios inovatyvios medicinos.
Tolesnius klinikos užmojus nubraukė Rusijos caro imperinė politika. 1832 m. uždarius Vilniaus universitetą, miestas ir visas kraštas prarado labai svarbų mokslinės ir praktinės chirurgijos centrą.