Geros mokyklos koncepcijos įgyvendinimas yra problemiškas. Jos įgyvendinimo analizė ugdymo realybės lygmenų kontekste rodo, kad societariniu ugdymo realybės lygmeniu priimami dokumentai jau pradeda strigti sisteminiu ugdymo realybės lygmeniu, nes Švietimo, mokslo ir sporto ministerijos ir jai pavaldžių institucijų rengiami dokumentai stokoja dermės su Geros mokyklos koncepcijos turinine erdve.
Atsiranda modus procedendi ir modus vivendi įtrūkis – gyvenimo būdas negali formuotis dėl konceptualios dokumentų sumaišties. Tam turi įtakos ir švietime veikiančių žmonių geros mokyklos ir ugdymo rezultatų savita samprata, todėl reikalingos diskusijos, skirtos Geros mokyklos koncepcijai suprasti.